Initiation à la phylogénie : cas des genres Coronilla et Securigera (Fabaceae)

Abstract

Cette étude est consacrée à l'initiation à la phylogénie en utilisant les séquences ITS1 et ITS2 des espèces des genres Coronilla et Securigera (Medicago utilisé comme groupes externes) obtenues de Genbank via la plateforme NCBI. En tout ; 31 séquences ont été utilisées. Quatre programmes ont été utilisés pour produire les phylogénies : PhyML (via la plateforme Phylogeny.fr), MEGA11, DNAML de PHYLIP 3.698 (tous 3 utilisant la méthode de Maximum Liklihood et MrBayes (Méthode bayésienne). Les 4 méthodes ont généré des phylogénies globalement très similaires. Les deux genres se sont révélés globalement monophylétiques pour les données analysées si ce n’est pour une séquence de C. coronata partie avec le clade de Securigera et une autre de C. scorpioïdes partie avec l’groupes externes, de même qu’une séquence de C. valentina. La recherche BLAST en utilisant ces séquences mal classées suggèrent des erreurs d’identification des espèces