Identification de microorganismes à caractère antagoniste :Détermination des métabolites impliqués

Abstract

Les 45 isolats utilisés dans ce travail proviennent des rhizosphères du blé et de la pomme de terre près de la région de Sétif. Ils ont été présélectionnés à la base de leur pouvoir inhibiteur de la croissance de champignons phytopathogènes telluriques. Le séquençage du gène de l’ADNr 16S, a montré que les souches appartenaient majoritairement aux genres Bacillus et Pseudomonas. Sur les quatre souches évaluées pour leur capacité à induire l’expression des gènes de défense chez Arabidopsis, Bacillus amyloliquefaciens A16 et Pseudomonas plecoglossicida XI39 ont montré une induction de l’expression des gènes à des taux aussi important que ceux obtenus avec l’acide salicylique. La production de ce dernier a été mise en évidence pour ces quatre souches, elles ont produit des concentrations comprises entre 0.31 et 0.4 mg/ml. 24 isolats à Grampositif ayant le meilleur potentiel antifongique in vitro ont été sélectionnés pour le criblage de quatre gènes de biosynthèses des lipopeptides cycliques et pour la production de composés organiques volatils antifongiques. Le profil électrophorétique des produits de PCR a montré l’abondance du gène de biosynthèse de la fengycine (70.33%) ; suivi par ceux de la surfactine (66.66%), la bacillomycine (58.33%) et la mycosubtiline (25%). Les composés volatils émis par ces isolats ont montré une inhibition considérable de la croissance de Phytophtora infestans, étant moins actifs contre Fusarium oxysporum var. coeruleum, tandis que F. oxysporum f. sp. albedinis et F. graminearum ont été résistants. Les Gram-positifs ont formé des biofilms plus denses que ceux formés par les Gram-négatifs. Aussi, l’effet biorémidiateur des isolats a été évalué en testant leur capacité à dégrader les fongicides, où la souche Pseudomonas protegens XI14 a dégradé les trois fongicides : propicone, curatine V et kazir. Certains isolats ont significativement stimulé la croissance du blé durant la phase de la levée, à savoir : P. protegens XI14, P. plecoglossicida 29INH et B. amyloquefaciens 30INH. Les Gram-négatifs ont été plus efficaces en protégeant le blé contre F. graminearum. Aucun déclin n’a été enregistré chez les plantules traitées avec P. protegens XI11 et Pseudomonas sp. (XI3 et P37). Quant aux souches pathogènes identifiées : Acinetobacter calcoaceticus XI22, Hafnia alvei XI47 et Stenotrophomonas maltophilia P29 ; ces isolats ont eu un potentiel antagoniste très considérable en confrontation directe contre des champignons pathogènes résistants aux fongicides mais très restreint en confrontation indirecte par production de substances volatiles. P29 a produit des lipases et des protéases alors que XI47 n’a produit que des lipases.